Resumo da Tese apresentada à COPPE/UFRJ como parte dos requisitos necessários para a obtenção do grau de Mestre em Ciências (M.Sc.)

Algoritmos Evolucionários Multiobjetivo para Alinhamento Múltiplo de Seqüências Biológicas

Margarita Ramona Ruiz Olazar

Abril/2007

Orientadores:

Eugenius Kaszkurewicz Benjamín Barán Cegla

Programa:

Engenharia Elétrica

      Estudamos uma metodologia para Alinhamento Múltiplo de Seqüências biológicas (MSA) usando Algoritmos Evolucionários Multi-objetivo (MOEAs). Este método evolui uma dada população de alinhamentos gradualmente, melhorando o "fitness" da população medida por dois critérios; a qualidade do alinhamento calculada com a função "Soma de pares" utilizando a matriz de substituição de resíduos BLOSUM62 e a qualidade do alinhamento calculada com a função "Soma de pares" utilizando a matriz de substituição de resíduos PAM250.
      Este problema, em geral, demanda tempo elevado de processamento, e a implementação proposta pretende tirar proveito da computação de alto desempenho uma vez que o programa é executado em paralelo por vários processadores.
      As vantagens da metodologia proposta é que ela pode ser usada tanto para seqüências de proteínas como de DNA, além de apresentar a possibilidade de otimizar diferentes funções objetivo, qualquer sejam estas. Os resultados obtidos demostram que os MOEAs são métodos efetivos e eficientes de otimização e podem ser utilizados em problemas de MSA, quando o domínio do problema é determinado.